埃克替尼和吉非替尼在治疗EGFR敏感突变非小细胞肺癌方面效果很接近，但是埃克替尼作为国产原研药在安全性和术后辅助治疗适用范围上更有优势，这两种药在用法用量、不良反应表现和临床研究数据上都有差别。
埃克替尼推荐每次吃125mg，一天要服三次，而吉非替尼是每次250mg每天一次，这种服药次数不同主要是因为药物在人体内代谢速度不一样。从治疗效果来看，像ICOGEN这类临床研究都说明埃克替尼和吉非替尼在肿瘤缩小率和病情控制率上基本没有差别，埃克替尼组的客观缓解率是27.6%，吉非替尼组是27.2%，患者在用药后疾病没有恶化的时间长度也很接近。安全性是两种药最明显的不同点，埃克替尼所有不良反应加起来的出现概率是60.5%，比吉非替尼的70.4%要低不少，特别是在皮肤起疹、拉肚子和肝功能指标上升这些常见副作用上，埃克替尼对病人的影响更小一些。在能治疗的病症范围上，埃克替尼除了用于晚期非小细胞肺癌，还被批准用在II至IIIA期患者手术后的辅助治疗，这个领域吉非替尼目前还没有覆盖到。
年纪比较大的患者或者肝脏功能不太好的病人可能更适合用副作用相对轻的埃克替尼，而那些希望服药方案简单一些的人则可以考虑每天只用一次药的吉非替尼。刚做完手术需要辅助治疗的病人应该优先选埃克替尼，经济条件有限的患者也要把国产药的价格优势纳入考虑范围。在吃药过程中要定期检查肝功能、心电图还有皮肤反应，如果出现持续腹泻或者身上皮疹很严重的情况，得及时找医生调整用药剂量，整个治疗期间都要规范服药不能随便停药。
万一在治疗中发生像间质性肺病这样严重的副作用，必须马上停药并采取相应医疗措施，选择哪种药的关键是要平衡疗效、安全性和病人自己的具体情况，所有用药变化都应该在医生指导下进行，特殊体质的患者更要重视个性化治疗方案的制定。